インボイス制度は医師も登録が必要？必要なケースや手続きなどを解説

「令和5年10月1日から始まるインボイス制度は、医師にも関係はあるのだろうか？」

「自分に関係があるとしたら、どんな手続きをすればよいか知りたい」

このように考えたことはありませんか？

インボイス制度は、消費税の仕入税額控除に関わる制度です。「仕入」は一般的に卸売業や販売業などで使われる言葉のため医師とは無関係に思えるかもしれませんが、医師を含む多くの職業の方に関係しています。

本記事では、インボイス制度の内容をわかりやすく解説するとともに、登録が必要な医師や手続きなどについても詳しくご紹介します。 

1.インボイス制度とは

インボイス制度とは、仕入れ税額控除を適用するために適格請求書（別名：インボイス）が必要となる制度のことです。インボイス制度を理解するために、まずは消費税の納税の仕組みを確認する必要があります。

消費税は商品やサービスにかかる税金であり、消費者が負担します。例えば、スーパーで買い物をしたときは、商品の価格に消費税が加算された金額を消費者が事業者に支払います。この消費税は、事業者の利益になるわけではなく、事業者が国に納付する仕組みです。 

ここで問題となるのが二重納付です。店は、商品を仕入れるときに仕入れ先に消費税を支払っています。そのため、仕入れた商品を売ったときに得た消費税を国に納税するとなれば、二重納付になってしまいます。 

この二重納付を避けるために、「仕入れにかかる消費税額」を「受け取った消費税額」から差し引くことを「仕入税額控除」といいます。例えば、商品の仕入れに10万円の消費税がかかり、商品を売ることで30万円の消費税を得たとします。

このとき、国に納めるべき消費税は、「30万円（受け取った消費税額）－10万円（仕入れにかかる消費税額）＝20万円」です。

インボイス制度が始まると、この仕入税額控除を行うために仕入れ先から受け取る「適格請求書（インボイス）」が必要になります。

2.インボイス制度に登録が必要な人

インボイス制度に登録が必要な人は、課税事業者です。インボイス制度への登録とは、適格請求書に記載する「適格請求書発行事業者の登録番号」を取得することです。「適格請求書発行事業者の登録番号」を取得するためには、課税事業者になる必要があります。前々年または前々年度の課税売上高が1,000万円以上の場合は課税事業者になるのですが、条件を満たしていなくても、申請すれば課税事業者になることができます。

なお、商品やサービスを提供する相手が免税事業者または簡易課税事業者の場合は、適格請求書の発行が不要なため、インボイス制度への登録は必要ありません。

3.勤務医はインボイス制度への登録は不要

勤務医は、自身の売上高や雇用契約を結んでいる病院やクリニックが課税事業者かどうか等に関係なく、インボイス制度に登録する必要はありません。これは、給与所得には消費税が課税されないためです。

ただし、勤務医とは別で事業を行っている場合は、取引先から適格請求書の発行を求められる可能性があります。

その際は、前々年または前々年度の課税売上高が1,000万円未満でも、課税事業者になったうえでインボイス制度に登録することを検討しましょう。

4.インボイス制度に登録が必要な医師

インボイス制度に登録が必要な医師は、以下の3つに分類できます。

• 個人事業主として事業を行っている
• クリニックや病院を経営している
• 業務委託で医師をしている

ただし、上記に該当する医師でも、取引先が「免税事業者」または「簡易課税事業者」の場合は仕入税額控除が不要なため、インボイス制度に登録する必要はありません。インボイス制度に登録が必要な医師について詳しく見ていきましょう。

4-1.個人事業主として事業を行っている

医師業とは別に、個人事業主として事業を行っている場合、取引先から適格請求書の発行を求められる可能性があります。例えば、講師としてセミナーに登壇した場合、運営企業が課税事業者であれば適格請求書の発行を求められるでしょう。

そのほか、医療ライターとして医療記事の執筆、クリニックへのインタビューなどを行っている場合は、クライアント企業から適格請求書の発行を求められる可能性があります。

4-2.クリニックや病院を経営している

社員の健康診断や予防接種などの健康管理サービスを医師に依頼した企業は、支払った料金を経費として計上するとともに仕入税額控除を行います。

そのため、これらのサービスを企業から受託している場合、適格請求書の発行を求められる可能性があります。

4-3.業務委託で医師をしている

産業医のように、業務委託契約のもとで医療サービスを提供している場合には、取引先企業から適格請求書の発行を求められる可能性があります。また、勤務医が副業で病院やクリニックなどと業務委託契約を結び、働いている場合も同様です。

そのほか、副業としてオンライン診療提供サービスの運営会社と業務委託契約を結び、会社が紹介した患者に対してオンライン診療を行うケースも該当する可能性があります。

m3.comが2021年に833人を対象に行った調査では、副業をしている医師は12％でした。また、医師としての勤務時間が減ったり引退したりしたら副業をしたいと回答したのは39歳以下で約60％、他の世代でも22～50％とばらつきがあるものの高い水準となりました。今後、副業で業務委託契約を結ぶ医師が増えると予想されるため、今は無関係でもインボイス制度について理解しておくことが大切です。

5.インボイス制度の開始による影響

インボイス制度が開始すると、これまで免税事業者だった人も課税事業者となり、インボイス制度に登録せざるを得なくなる可能性があります。インボイス制度の開始による医師への影響について詳しく見ていきましょう。

5-1.インボイス登録をしない場合は価格交渉を受ける可能性がある

インボイス登録をしない場合は、取引先企業に適格請求書を発行できません。そのため、取引先企業は仕入税額控除ができず、消費税を二重で納付することになります。

そのため、仕入税額控除ができない消費税分の値下げを要求されたり、場合によって取引自体を中止されたりする恐れがあります。ただし、不当な取引停止や値下げ要求は独占禁止法で禁止されています。

しかし、それでも価格交渉が行われる可能性は十分に考えられるほか、別の理由をつけて取引を断られる恐れもあるため、適格請求書を発行するためにもインボイス登録を検討されるケースも多くあるようです。

5-2.納税義務の発生によって実質の収入が減少する可能性がある

前々年または前々年度の課税売上高が1,000万円未満の場合は、課税事業者になる必要はありません。しかし、適格請求書を発行するためには課税事業者になったうえでインボイス登録が必要です。

そのため、本来は消費税を納税する必要がない人も、インボイス制度の開始によって課税事業者にならざるを得なくなり、これまでは収入として受け取っていた消費税の納税が必要になります。例えば、10万円の売上の場合は1万円が消費税のため、11万円が手元に残ります。しかし、課税事業者になると1万円の納税が必要になるため、手元に残るのは10万円です。

毎月10万円の売上があると仮定した場合、利益が1年間で12万円も減少します。

5-3.事務負担が増加する

インボイス制度が開始すると、適格請求書に対応したフォーマットへの変更、取引先が課税事業者かどうかの確認、仕入税額控除に関わる事務作業、消費税の計算・納税など、さまざまな事務負担が増加します。

事務負担の増加によって業務に支障をきたしたり、納税ミスによって税務調査の対象になったりなど、さまざまな負担の増加が予想されます。

6.インボイス制度の登録期限

インボイス制度の開始日は、令和５年10月１日です。インボイス制度の登録期限は令和５年９月30日ですが、10月1日時点で税務署から登録通知が届かなかったとしても同日に登録したものとみなされます。

また、インボイス制度の開始後は、申請日から15日以降であれば登録開始日を指定できます。例えば、令和5年11月1日から登録したい場合は、10月15日までに申請すれば11月1日からインボイス制度の適用となります。

7.課税事業者における原則課税方式と簡易課税方式の違い

納めるべき消費税額を計算する方法は、「原則課税方式」と「簡易課税方式」で異なります。それぞれの違いについて詳しく見ていきましょう。

7-1.原則課税方式

原則課税方式は、売上にかかる消費税から仕入れにかかる消費税を控除し、納めるべき消費税額を算出する方式です。消費税の計算対象となる課税売上高と非課税売上高に分類して集計し、そのうえで課税売上高に対応する仕入れと対応しない仕入れに分類するなど、多くの作業が必要です。

7-2.簡易課税方式

簡易課税方式は、売上高にかかる消費税額に一定のみなし仕入率を乗じて、納めるべき消費税額を算出する方式です。仕入れにかかる消費税額を計算する必要がないため、事務作業の負担を大きく軽減できます。

みなし仕入率は以下のとおりです。

出典：国税庁「No.6505 簡易課税制度」

簡易課税方式を選択した場合、仕入れにかかる消費税を証明する必要がないため、仕入れ先から適格請求書の発行を受ける必要はありません。そのため、取引先が簡易課税方式を選択している場合は、インボイス制度への登録を迫られたり、値下げ要求をされたりすることもないでしょう。

簡易課税方式を選択できるのは、前々年の売上が5,000万円以下の場合に限ります。また、課税期間の初日の前日までに所轄の税務署へ「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出する必要があります。

8.インボイス登録の流れ

インボイス登録は、納税地を管轄する税務署に登録申請を行います。登録が完了すると、適格請求書発行事業者として登録が完了すると、登録番号や公表される情報などが記載された登録通知書が届きます。

e-Taxを使用した登録手続方法と郵送による方法について、それぞれ詳しく見ていきましょう。

8-1.e-Taxを使用した登録手続方法

e-Taxで登録する場合は、マイナンバーカードと利用者識別番号等が必要です。利用者識別番号等は過去にe-Taxを使用した際に送られてくる「確定申告のお知らせ」や「申告書等送信票（兼送付書）」などに記載されています。

e-Taxを使用した登録手続きの流れは以下のとおりです。

1. インボイス制度特設サイトにアクセスする
2. マイナンバーカードでログインする
3. 利用識別番号を取得する
4. 提出先税務署および作成帳票を選択する
5. 氏名および納税地などを入力する
6. 事業者区分を選択する
7. e-Taxでの受領希望を選択する
8. 公表申出事項を入力する
9. 電子署名の付与および送信
10. 即時通知、受信通知を確認する

出典：国税庁「適格請求書発行事業者の登録申請データ作成マニュアル～e-Taxソフト（WEB版）ver.～」

e-Taxを利用すると、郵送よりも早く登録手続きが完了します。

8-2.郵送による登録手続方法

続いて、郵送による登録手続方法の流れを紹介します。

1. 国税庁のサイトから「適格請求書発行事業者の登録申請書（国内事業者用）」をダウンロードおよび印刷する
2. 必要事項を記入する
3. 地域を管轄するインボイス登録センターに郵送する

出典：国税庁「［手続名］適格請求書発行事業者の登録申請手続（国内事業者用）」

郵送はe-Taxと比べて登録完了までに時間がかかります。

9.まとめ

インボイス制度が開始すると、本来は消費税を納税する必要がない人も納税が必要になることで、実質的に売上が下がる可能性があります。

関係する医師は、個人事業主や病院・クリニックの経営者、業務委託契約を交わしている医師などです。

本記事では、インボイス制度への登録が必要な医師や影響などについてご紹介させていただきました。

インボイス制度は決定事項であり、開始日と登録期限が決まっているため、該当する方は確実に申請手続きを行っておくことが大切です。今回、解説した内容によってインボイス制度に関する疑問や不安の解消の一助となれば幸いです。